首先，游戏开始时，纳森被认为已经去世，但萨姆告诉他，亚图姆的宝藏仍然存在。纳森和萨姆决定继续他们的旅程，在跟随拉法的日记线索时，他们发现了亨利的日记，上面记录了他到达岛屿并藏匿宝藏的线索。然而，亚图姆也是一个饱受战乱的城市，纳森和萨姆不得不与敌人战斗，最终成功逃离了亚图姆。同时，他们也要面对敌人的追捕和亚图姆城市的危险。
《神秘海域4》中，盗贼们一直在寻找着传说中的亚图姆王国的宝藏。游戏的情节围绕着主人公纳森·德雷克和他的兄弟萨姆展开，他们寻找着这个神秘王国的线索。
首先，游戏开始时，纳森被认为已经去世，但萨姆告诉他，亚图姆的宝藏仍然存在。他们破解了亚图姆人著名探险家亨利·艾弗里留下的谜题，并找到了亨利的墓地，里面有一封信，指示他们向另一位亚图姆探险家拉法·德·香巴尔的日记中寻找线索。
在拉法的日记中，他描述了亨利如何找到了亚图姆的宝藏，并将它藏在了一个神秘的岛屿上。然后，拉法在追求亨利时去世，他的下落变得未知。
纳森和萨姆决定继续他们的旅程，在跟随拉法的日记线索时，他们发现了亨利的日记，上面记录了他到达岛屿并藏匿宝藏的线索。他们发现了一个迷宫，最终找到了宝藏的最后一块拼图。
然而，在他们拼接完成宝藏之前，纳森被敌人追捕，并且他们意识到整个寻找宝藏的行动其实是为了掩盖危险的秘密。终于，纳森和萨姆找到了亚图姆的真相：它其实是一个犯罪头目容纳了他的财富的秘密属地。
纳森最终和萨姆一起逃脱了敌人的追捕，并将宝藏的线索带到了亚图姆的入口。在那里，他们解决了最后一道谜题，进入了亚图姆。
在亚图姆，他们发现了一个巨大的黄金矿藏和其他珍贵的财富。然而，亚图姆也是一个饱受战乱的城市，纳森和萨姆不得不与敌人战斗，最终成功逃离了亚图姆。他们将宝藏留在了那里，并希望这个秘密属地永远不被发现。
整个故事中充满了神秘和冒险的元素，玩家通过一步步破解谜题来揭示宝藏的秘密。同时，他们也要面对敌人的追捕和亚图姆城市的危险。这些元素使得《神秘海域4》成为了一款吸引人的冒险游戏。